Im krassen Gegensatz zu der drängenden Dramatik des vorherigen Rezitativs bestimmt eine Atmosphäre der Ehrfurcht und Bußfertigkeit die Arie in d-moll, ‚Vergib, o Vater, unsre Schuld und habe noch mit uns Geduld’. Der wehmütige Klang der paarigen Oboen da caccia verwebt sich mit der Altstimme. Die bei dem Wort ‚vergib’ wiederholten und verschleiften Duolen kontrastieren und wechseln mit den aufsteigenden Arpeggien des Continuos (Fagott), so dass Äußerungen des Grams und flehentlichen Bittens gleichzeitig vernehmbar werden. Das Flehen wird noch eindringlicher im Mittelteil, wo Bach seine Continuoinstrumente über sieben chromatische Stufen (d, e, f, f#, g, g#, a) und anschließend fünf diatonische Intervalle (d, e, f, g, a) nach oben treibt. Hier spiegelt sich der Glaube des reuigen Sünders an eine klare und deutliche Sprache (‚rede nicht mehr sprichwortsweis’), ein Bezug auf Jesu Versprechen: ‚Es kommt aber die Zeit, dass ich nicht mehr durch Sprichwörter mit euch reden werde, sondern euch frei heraus verkündigen werde von meinem Vater’ (Johannes 16, 25). Ziegler und Bach legen hier Nachdruck auf das lutherische Thema, das der Drangsal des Menschen entsprechend inständige Gebet sei das beste Mittel, in einer feindlich gesinnten Welt den Kontakt zu Gott herzustellen und aufrechtzuerhalten.

Dürr äußert die Vermutung, das zweite Rezitativ (Nr. 4), das in Zieglers Druckausgabe (1729) nicht enthalten ist, stamme von Bach selbst. Es mildert den abrupten Übergang zu den ‚tröstenden’ Worten Jesu in Nr. 5, die in einem musikalischen Konzept, das Bach bereits in seiner Mühlhausener Zeit (in BWV 71 und 106) zu entwickeln begonnen hatte, den Wendepunkt darstellen. Durch die begleitenden Streicher gewährleistet Bach, dass das eingeschobene Rezitativ genügend Gewicht erhält, und indem er zur ersten Person wechselt, verlagert er das Schwergewicht auf das Schuldanerkenntnis des einzelnen Gläubigen und weist über den tonalen Aufstieg zurück zu d-moll den Weg, wie diese Schuld und die mit ihr verbundenen Sorgen überwunden werden können.

Genau dort, wo sich ein üppig orchestriertes Versatzstück für die letzten Worte Jesu aus eben diesem Kapitel des Johannes- Evangeliums erwarten ließe, beschloss Bach (und vermutlich auch Ziegler), auf den beschwichtigenden Satz ‚Solches habe ich mit euch geredet, dass ihr in mir Frieden habet’ zu verzichten. Stattdessen reduziert er seine tonale Palette und beschränkt seinen Spruch auf eine Continuobegleitung (Nr. 5): hager, streng und angsterfüllt, in Mustern, die auf einen absteigenden chromatischen Tetrachord hindeuten.

Selbst der Schlüsselsatz ‚ich habe die Welt überwunden’ wird fast erdrückt, verschluckt in einer Aufwärtsbewegung nach es-moll, die gerade einmal neun Takte anhält, bevor sie wieder nach c-moll abfällt. Erst im sechsten Satz, einem ausgedehnten Siciliano in B-dur von unbeschreiblicher Schönheit für Tenor, Streicher und Continuo, wird Bachs Gesamtkonzept deutlich: Er will Sorge und Freude, Moll und Dur so gewichten, dass die Verheißung, der gequälten Seele werde Trost zuteil, nur um den Preis der Passion und Kreuzigung Christi erfüllt werden kann. Die sanfte, lyrische, fast pastorale Stimmung, in der Reue und Akzeptanz geäußert werden, ist daher mit Dornen gespickt, gewürzt mit vereinzelten Dissonanzen bei den Wörtern ‚leiden’, ‚Schmerz’ und ‚verzagen’. Das bestätigt auch der abschließende Choral, der auf dem pietistischen Lied ‚Jesu meine Freude’ basiert und die üblichen ‚Zuckermetaphern’ für den Schmerz enthält – ‚über Honig süße, tausend Zuckerküsse’. Die Rückkehr zu d-moll, so bemerkt Chafe, sei eine Erinnerung daran, dass ‚in der Welt des Leidens notwendigerweise auch die göttliche Liebe vorhanden ist und sie bezwingt’.